В соответствии со статьей 174 НК РФ

НДС за отчетный период вы имеете право уплачивать частями - по 1/3 от общей суммы налога к уплате, каждого 25 числа (c 01/01/2015 срок уплаты НДС перенесен на 25 число).

Например, за 2 квартал 2015 года сумма НДС в бюджет по декларации к уплате составила 12 000 рублей.

Вы имеете право заплатить всю сумму целиком до 27 июля 2015 года (так как 25.07.2015- суббота, выходной день).

Или разбить платеж на три равные части и заплатить:

4000 - 27.07.2015

4000 - 25.08.2015

4000 - 25.09.2015

Если же сумма к уплате не делится на три равные части, то действуют обычные правила округления.

Например. сумма к уплате за отчетный квартал составила 55 555 рублей.

Платежи частями составят:

1 платеж - 18 518

2 платеж - 18 518

3 платеж - 18 519